5月28日付で清家篤新塾長および新常任理事が就任した。
清家新塾長は就任に際し「今日の大変化の中、福澤諭吉の実学の精神に立ち返り、学問を進歩させ、それに基づいて自分の頭でものを考えることのできる人を育てることが最も大切。そのために教育・研究・医療の質の向上に努めていく」と抱負を語っている。
新常任理事は5月27日開催の評議員会で選出された8名。任期は就任日等に特記のある者を除き、塾長と同様、2009年5月28日から4年間。
新常任理事、担当職務、就任日は以下の通り。
長谷山彰氏（教育（主管）、研究（共管）、学生、一貫教育校（主管）、施設・管理（主管）、三田キャンパス、日吉キャンパス）。
就任日6月15日（それまでは井田常任理事代行）。
真壁利明氏（研究（主管）、教育（共管）、産学連携、ＩＴ、矢上キャンパス）。
就任日7月13日（それまでは井田常任理事代行（6月14日まで）、および長谷山常任理事代行（6月15日以降））。
清水雅彦氏（財務・経理、経営改革（主管）、病院経営改革（共管）、施設・管理（共管））。
就任日6月1日（それまでは渡部常任理事代行）。
井田良氏（総務・法務、広報、塾員（主管）、調達、企画、育林会、危機管理、研究（共管）、教育（共管））。
渡部直樹氏（人事・労務、経営改革（共管）、人事給与制度改革、個人情報保護、創立150年記念事業、社会・地域連携、男女共同参画、体育会、点検・評価）。
戸山芳昭氏（病院、病院経営改革（主管）、経営改革（共管）、教育（共管）、信濃町キャンパス）。
阿川尚之氏（国際、教育（共管）、塾員（共管）、一貫教育校（共管）、湘南藤沢キャンパス）。就任日7月1日（それまでは井田常任理事代行）。
笠原忠氏（教育（共管）、病院経営改革（共管）、芝共立キャンパス）。就任日7月1日（それまでは戸山常任理事代行）。